Conflictul inter-bisericesc Romania-Rusia are si conotatii politice, ba chiar geopolitice, sustin surse diplomatice care au dorit sa-si pastreze anonimatul. Biserica Ortodoxa Rusa (BORusa) a cerut Bisericii Ortodoxe Romane (BOR) sa anuleze decizia de luna trecuta de reactivare a trei episcopii pe teritoriul Republicii Moldova si Ucrainei, calificand demersul drept unul neprietenesc deoarece "aceste teritorii apartin canonic Patriarhiei Ruse". In opinia Sinodului de la Moscova, decizia partii romane nu numai ca va distruge perspectiva cooperarii celor doua patriarhate, dar in mod inevitabil "va provoca haos in familia ortodoxiei mondiale si va crea o noua amenintare pentru buna intelegere interetnica intr-o regiune unde in mod traditional locuiesc mai multe etnii".

"Nici Moscova, nici Bucurestiul si nici Chisinaul nu au nimic de castigat din arbitrarea acestui diferend canonic, deoarece exista riscul sa apara emotii publice si reactii populiste, mai ales ca istoria nu e clarificata", considera surse bine informate din diplomatie.
La inceputul mandatului sau, Patriarhul Daniel si-a exprimat dorinta de reluare a dialogului cu Biserica Ortodoxa Rusa (BO Rusa), scopul imediat fiind obtinerea recunoasterii de catre Patriarhia de la Moscova a Mitropoliei Basarabiei, aflata in subordinea canonica a Bucurestiului. Acestui deziderat i se mai adauga acum si cel al acceptarii celor trei noi episcopii subordonate canonic Bucurestiului, in caz contrar BOR intentionand sa ceara autocefalia Bisercii Ortodoxe din Moldova, dupa cum sustine episcopul vicar patriarhal Ciprian Campineanu: "Nu vor mai fi subordonati nici unei Biserici, iar noi vom continua sa-i ajutam". Istorici, teologi si analisti de politica externa, de o parte si de alta a Prutului, nu cred ca cele doua biserici vor cadea la pace, ba dimpotriva, relatiile vor continua sa se degradeze.

Specialistul in geopolitica Oleg Serebrian argumenteaza imposibilitatea unui compromis precizand ca "Patriarhia Rusa vrea in Moldova o biserica pe care o poate controla deoarece o foloseste ca o parghie de manipulare a populatiei". Istoricul Cristian Vasile de la Institutul "Nicolae Iorga" sustine ca "sunt lucruri in litigiu care se potenteaza reciproc. Cele doua parti, politice si religioase, nu pot face mari concesii deoarece tratam cu un stat care are veleitati de superputere si Rusia nu va ceda".
Analistul de politica externa Cornel Codita socoteste ca "relatiile dintre cele doua Biserici tin si de politica externa a Rusiei si Romaniei. Prin urmare, sansele de evolutie pozitiva sunt mici". In sprijinul acestei opinii vin spusele lui Serebrian, care sustine ca "BORusa este excesiv politizata si folosita ca element al puterii de la Kremlin. E parte a politicii «imperiale» a Rusiei in zona".
Ideea de autocefalie a actualei Mitropolii a Basarabiei este considerata de Serebrian drept neinspirata si conceputa doar ca amenintare, deoarece "Mitropolia este prea slaba si cu putine parohii". Vinovata de acest fapt, spune Cristian Vasile, ar fi chiar BOR, care nu a dus cu moldovenii munca de convingere in plan spiritual: "Pentru multi moldoveni vorbitori de limba romana nu a fost o optiune sa adere la eparhiile subordonate Patriarhiei Romane. Trebuie dusa o propaganda mai inteligenta. Asta e batalia".
Pe de alta parte, teologul Radu Preda considera ca "daca rusii ar avea in fata o ortodoxie locala, si ei ar trebui sa cedeze si, in final, probabil ca cele doua mitropolii s-ar uni".